环保专项资金的使用对促进污染防治、改善环境质量起到了积极的财力支撑作用，因而对环保专项资金管理水平的高低直接影响到资金的使用效益。为此我局针对环保专项资金使用采取了一系列行之有效的措施，取得了一定的成效。现将具体做法介绍如下：
　　一、出台环保专项资金管理制度，进一步加强专项资金管理
　　环保专项资金包括污染防治资金和环保引导资金两部分，每年由财政预算安排，具体来源为：污染防治资金由征收的排污费收入组成，环保引导资金由财政预算内专项安排。环保专项资金的主要来源是排污费，自2003年7月国务院颁布实施了《排污费征收使用管理条例》（国务院第369号令）以来，国家、省有关部门也相继出台了一系列排污费征收使用的配套规定，我局也于2006年5月会同市财政局印发了《扬州市市级污染防治专项资金和市级环境保护专项资金管理办法》，对市级环保专项资金的管理作了进一步的细化。为适应现阶段环境保护事业的发展，我局于2008年5月又会同市财政局重新制订了《扬州市级污染防治专项资金和市级环境保护引导资金管理办法》。按照节能减排专项资金管理的要求，制订出台了《扬州市节能减排专项资金管理暂行办法》，按照南水北调生态工程建设专项资金管理的要求，出台了《扬州市南水北调专项资金管理办法》。制度的出台做到了特定的资金有一套特定的管理办法。
　　对不同专项资金的来源，专项资金的使用范围，以及对专项资金安排的项目的申报、竣工验收及项目的资金、项目的实施都作了较详细的规定，专项资金以无偿补助、贴息、以奖代补方式支持获得批准的项目，使得专项资金的管理更具操作性，做到有据可依，确保专款专用，杜绝了专项资金安排使用过程中的随意性。
　　二、积极组织项目申报，争取多渠道环保专项资金
　　随着社会经济的不断发展，国家对环保越来越重视，每年国家、省及市通过财政预算安排的环保专项资金规模越来越大，对各地项目的申报提出了较高的要求。在争取国家和省级环保专项资金时，我局会同市财政局每年按照国家及省下达的环保专项资金申报要求，积极组织各类环保项目的申报，严格把好项目申报材料关，对项目的可行性、资料的完整性进行指导，最终对符合申报要求的项目联合行文上报国家和省级有关部门。
　　对市级环保项目的申报，每年初市环保局和市财政局根据宏观政策、环保规划和环保工作重点，共同确定环保专项资金资助项目范围，下达年度项目申报指南。同时将资金管理办法和项目申报表格及申报要求通过扬州环保网、扬州财政网予以公布，方便申报单位的查看和项目申报，另外还要求环保局相关管理处（室）将申报要求电话通知各有关重点企业，保证企业项目申报工作的顺利开展。
　　三、制定项目库和专家库管理办法，确保项目管理的公开、透明
　　根据《扬州市级污染防治专项资金和市级环境保护引导资金管理办法》的规定，为了加强对单位申报项目的管理，我局会同市财政局制定下发了《扬州市环保专项资金项目库管理办法（试行）》）和《扬州市环保专项资金项目评审专家库管理办法（试行）》。根据管理办法，两局联合建立并管理环保专项资金项目库，指定专门机构专业人员负责项目库的日常管理。及时将符合环保专项资金申报条件的项目纳入项目库，进行全过程管理。在对环保项目的审查过程中，先由两局相关处（室）对申报上来的环保项目对照项目的申报要求进行初审，主要对项目申报条件和申报材料的完整性、规范性、真实性进行形式审查，然后将通过初审的项目提交专家评审。在项目进入专家评审程序时，根据专家库管理办法，我局从市有关高校、企业及相关单位中确定了30名具有环境类、财经类或审计类高级专业技术人员进入专家库，每次项目评审时，分别从环境类和财经类中随机抽取5名专家组织评审组召开项目评审会，市环保局、市财政局有关领导及相关处（室）人员参与讨论，通过实地查勘和对申报资料的审查，由专家分别对每个项目的可行性进行陈述，提出个人初步审查意见，明确每个项目的可行性，投资额度和支持重点，最后形成专家组意见，并进行项目排序，作为安排环保项目资金的依据。
　　四、利用信息技术手段对环保项目实施滚动管理
　　为更好地管理环保项目，我局委托有关软件公司，针对环保项目管理的特定性，开发出一套环保项目库管理的系统应用软件，直接上网，不仅方便了企业进行网上环保项目的申报，同时也提高了项目申报、审查的快捷性。企业在办理项目申报过程中，按所属地区实施对申报项目的分级审查，即先由当地环保、财政部门将审查过的本地区的环保项目通过网络上传至市环保局和市财政局。所有的环保项目申报采取年度内不定期、不限时，随时申报定期审查。对审查通过给予环保专项资金补助的项目进入项目库的后续管理，对项目实施的日常督查记录、环保专项资金的拨付、项目的竣工投产和试运行、项目的竣工验收、项目资金的竣工决算以及完工项目的社会、经济、环境效益等进行全过程、完整的记录。对年度内首次审查不通过的项目，区分情况进行处理：虚报不实的项目或申报资料存在严重缺陷，不符合专项资金使用范围的项目，直接删除，对需进一步完善资料的项目，要求项目申报单位完备资料后列入下次审查。
　　另外，对审查通过，当年限于环保专项资金规模未能安排环保专项资金的项目列入下一年度的首选项目予以资金安排，但申报单位必须随着项目的实施，及时补充项目近期的情况。
　　五、落实环保项目资金，推动环保项目的实施
　　对经专家评审确认为可行的项目，我局会同财政局相关处（室）根据年初部门预算安排的专项资金数额，根据申报项目的规模、自身资金的落实情况，经综合平衡确定环保专项资金的补助额，并汇总形成整个项目审查过程的书面报告，分别提交环保和财政两局领导审查。按照环保局财务管理的规定，我局计划落实的环保项目资金及补助金额专题召开局长办公会讨论通过，最终对经两局确认可行的环保资金项目由市环保局和市财政局共同行文下发各项目实施单位和环保项目的相关督查处（室）。批准的环保专项资金则根据项目实施进度，通过国库集中支付方式直接将拨付给项目实施单位；对以贴息、以奖代补方式支持的项目，根据项目竣工验收批复和相关指标及项目考核评价结果拨付资金，这样进一步促进项目实施单位早日完成项目。
　　六、实施项目的全过程跟踪监督，确保环保项目早投产、早产生效益
　　为了保证环保项目的顺利实施，保证环保专项资金的专款专用，我局相关职能处（室）不断加强对项目的督查力度，对项目的实施进行全过程跟踪管理，一切以服务为宗旨，帮助企业解决在项目实施过程中遇到的困难。我局财务部门也协同市财政局、市审计局相关处（室）定期对项目资金的使用开展环境绩效评价，对资金的使用、工程的实施以及项目完工后所产生的社会、经济、环境效益进行分析评估，通过对环保项目的督查，促进了环保项目的顺利实施，保证了环保项目的按期完工，形成环境效益，发挥了环保专项资金应有的效用。